Investigadores del CSIC han desarrollado FungAMR, una base de datos innovadora que compila más de 50,000 entradas y 35,000 mutaciones genéticas en 95 especies de hongos. Esta herramienta se centra en la resistencia a antifúngicos, un problema creciente para la salud global reconocido por la OMS. El equipo también ha creado ChroQueTas, un software de código abierto que permite analizar genomas fúngicos y detectar mutaciones relacionadas con la resistencia. Ambas iniciativas buscan abordar la falta de información y mejorar la vigilancia en el ámbito de las infecciones fúngicas, resaltando la necesidad urgente de nuevas terapias.
La resistencia a los antifúngicos se ha convertido en una amenaza creciente para la salud global, siendo recientemente incluida en la lista de prioridades sanitarias de la Organización Mundial de la Salud (OMS). A pesar de su impacto clínico y las pérdidas significativas que provocan en cultivos agrícolas, los hongos han recibido menos atención que las bacterias en los programas de vigilancia y desarrollo de fármacos.
Aunque el avance en la secuenciación masiva de ADN ha permitido progresos notables en la investigación del microbioma y la resistencia a antibióticos, aún persisten desafíos. La falta de bases de datos exhaustivas y referencias, junto con la complejidad del genoma eucariótico, complican el estudio de la resistencia a antifúngicos desde un enfoque in silico.
Con el objetivo de abordar esta problemática, un equipo internacional liderado por el Instituto de Biología Funcional y Genómica (IBFG, CSIC–USAL), junto a la Universidad de Salamanca y la Université Laval (Canadá), ha desarrollado FungAMR. Esta innovadora base de datos compila más de 50.000 entradas y 35.000 mutaciones genéticas, identificadas en 95 especies de hongos relevantes para ámbitos clínicos, agrícolas y ambientales. Estas mutaciones están asociadas a 246 proteínas, que confieren resistencia a un total de 208 antifúngicos.
La información recopilada proviene manualmente de más de 500 estudios científicos, clasificada rigurosamente según el nivel de evidencia experimental. Esto permite a los usuarios evaluar la fiabilidad y respaldo científico de cada mutación. Este trabajo ha sido publicado recientemente en la revista Nature Microbiology.
"La motivación detrás de FungAMR radica en la necesidad urgente de contar con una base de datos exhaustiva sobre mecanismos de resistencia a antifúngicos", señala Christian R. Landry, investigador en Université Laval. La interfaz web amigable e intuitiva facilitará su uso por parte del público.
Aparte de FungAMR, el equipo también ha creado el software ChroQueTas (Chromosome Query Targets). Esta herramienta bionformática pionera permite analizar genomas y proteomas fúngicos, detectando automáticamente mutaciones que otorgan resistencia a antifúngicos. ChroQueTas está disponible como software libre, lo que facilita el cribado genético rápido y preciso.
"En pruebas realizadas con genomas previamente estudiados, ChroQueTas ha identificado mutaciones conocidas y también ha descubierto nuevas mutaciones no reportadas antes", destaca Narciso M. Quijada, investigador del IBFG.
El estudio revela que muchas mutaciones confieren resistencia a múltiples antifúngicos simultáneamente, fenómeno conocido como resistencia cruzada. Esta situación se debe a similitudes en sus mecanismos de acción y puede surgir por causas comunes entre distintas especies. El uso intensivo de antifúngicos en agricultura, especialmente azoles, se identifica como una presión evolutiva clave detrás del problema.
| Cifra | Descripción |
|---|---|
| 50,000 | Entradas en la base de datos FungAMR |
| 35,000 | Mutaciones genéticas identificadas |
| 95 | Especies de hongos de interés clínico, agrícola y ambiental |
| 246 | Proteínas asociadas a la resistencia |
| 208 | Antifúngicos a los que confieren resistencia |
| 500+ | Estudios científicos utilizados para extraer información |
FungAMR es una base de datos que recopila más de 50.000 entradas y 35.000 mutaciones genéticas identificadas en 95 especies de hongos, asociadas a 246 proteínas que confieren resistencia a un total de 208 antifúngicos.
ChroQueTas es una herramienta bioinformática que permite analizar genomas y/o proteomas fúngicos y detectar automáticamente mutaciones que confieren resistencia a antifúngicos, facilitando el cribado genético de cepas clínicas y ambientales.
La resistencia a los antifúngicos es una amenaza creciente para la salud global, y su estudio es crucial debido a su impacto clínico y las pérdidas importantes en cultivos agrícolas. Esta investigación busca desarrollar nuevas terapias con mecanismos de acción alternativos.
FungAMR está disponible como interfaz web dentro del portal del Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD) y se actualizará periódicamente con nuevos datos.
ChroQueTas está disponible como software de código abierto en GitHub, permitiendo mejoras y colaboraciones continuas.